La Alianza cuenta con una estructura de gobierno y coordinación para la toma de decisiones al interior de la misma. TNC es la organización que lidera e implementa los acuerdos en campo.
Para cumplir con sus objetivos de creación y fortalecimiento de Fondos de Agua, la Alianza acompaña a los Fondos de Agua durante su proceso de maduración.
A lo largo del tiempo, y conforme la metodología para la creación de Fondos de Agua se ha ido refinando, también ha ido cambiando la forma de crear y estructurar Fondos. De manera tradicional, la Alianza ha seguido la siguiente Estructura de Acompañamiento y Gobernanza:
Sin embargo, cabe destacar que conforme los Fondos de Agua van evolucionando y ganando independencia, la estructura de apoyo cambia hacia un rol de asesoramiento.